MicroRNAs de plantas sob estresses típicos da caatinga

Clebiano da Costa Sá, Michely Correia Diniz

Resumo


Em vegetais, respostas fisiológicas ao estresse estão relacionadas a mecanismos de regulação gênica, que envolve pequenas moléculas de RNA não codificante de proteína, conhecidas como microRNA (miRNA). Em meio ao grande volume de dados acerca dos miRNAs, sejam sequências, relações funcionais ou características, a utilização de ontologias têm se destacado como alternativa na organização e recuperação da informação, possibilitando a criação de novos conhecimentos a partir da análise integrada dos dados existentes. O objetivo deste trabalho foi montar uma rede integrativa de miRNAs de plantas sob estresses típicos da Caatinga, através de análises computacionais, realizando buscas nas principais bases de dados, e compreendendo as relações dos miRNAs com seus alvos e com o tipo de estresse. Foram encontradas nove (09) famílias de miRNAs comuns às três categorias de estressse estudadas: déficit hídrico, elevadas temperaturas e salinidade, sendo eles miR159, miR166, miR168, miR172, miR395, miR482, miR530, miR1446 e miR1447. Esse trabalho contribuiu ao apresentar o panorama de miRNA vegetais, com suas características, identificando e selecionando a ocorrência de miRNAs responsivos a apenas um tipo de estresse, enquanto outros estão relacionados a diferentes estresses; esses dados representam um ponto de partida para pesquisas com miRNA em espécies da Caatinga.


Palavras-chave


microRNA vegetal; protegé; semiárido;

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Referências


ADAI, A.; JOHNSON, C.; MLOTSHWA, S.; ARCHER-EVANS, S.; MANOCHA, V., VANCE, V. & SUNDARESAN, V. Computational prediction of miRNAs in Arabidopsis thaliana. Genome research, v. 15, n. 1, p. 78–91, jan. 2005.

ALMEIDA, M.; BAX, M. Uma visão geral sobre ontologias: pesquisa sobre definições, tipos, aplicações, métodos de avaliação e de construção. Ciência da Informação, Brasília, v. 32, n. 3, p. 7–20, 2003.

ASHBURNER, M.; BALL, C.A; BLAKE, J.A.; BOTSTEIN, D.; BUTLER, H.; CHERRY, J.M.; DAVIS, A.P.; DOLINSKI, K.; DWIGHT, S.S.; EPPIG, J.T.; HARRIS, M.A.; HILL, D.P.; ISSEL-TARVER, L.; KASARSKIS, A.; LEWIS, S.; MATESE, J.C.; RICHARDSON, J.E.; RINGWALD, M.; RUBIN, G.M.; SHERLOCK, G. Gene ontology: tool for the unification of biology. Nature Genet. 25, p. 25-29, 2000.

AXTELL, M. J.; MEYERS, B. C. Revisiting Criteria for Plant MicroRNA Annotation in the Era of Big Data. The Plant Cell.30 (2) 272-284. Feb 2018.

BARTEL, D. P. MicroRNAs: Genomics, Biogenesis, Mechanism, and Function. Cell, v. 116, n. 2, p. 281–297, 2004.

CHANDRASEKARAN, S.; BONCHEV, D. A Network View on Parkinson’s Disease. Computational and Structural Biotechnology Journal, v. 7, n. 8, 1 abr. 2013.

CHEN, X. A microRNA as a translational repressor of APETALA2 in Arabidopsis flower development. Science (New York, N.Y.), v. 303, n. 5666, p. 2022–5, 26 mar. 2004.

KIM, V.; N.HAN, J.; SIOMI, M. C. Biogenesis of small RNAs in animals. Nature reviews Molecular cell biology, v. 10, n. 2, p. 126–39, fev. 2009.

LAUXEN, C. E. Uma Representação Ontológica de Estruturas de ncRNA. [s.l.] : UNIJUI, 2012.

LAZZARI, B.; CAPRERA, A.; CESTARO, A.; MERELLI, I.; DEL CORVO, M.; FONTANA, P.; STELLA, A. Ontology-oriented retrieval of putative microRNAs in Vitis vinifera via GrapeMiRNA: a web database of de novo predicted grape microRNAs. BMC plant biology, v. 9, p. 82, jan. 2009.

LIMA-FILHO, J.M.P; SILVA, C.M.M. Aspectos fisiológicos do umbuzeiro. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, v.23, n.10, p 1091-1094, 1988.

LU, S.; SUN, Y.-H.; CHIANG, V. L. Stress-responsive microRNAs in Populus. The Plant journal : for cell and molecular biology, v. 55, n. 1, p. 131–51, jul. 2008.

ONES-RHOADES, M. W.; BARTEL, D. P. Computational identification of plant microRNAs and their targets, including a stress-induced miRNA. Molecular cell, v. 14, n. 6, p. 787–99, 18 jun. 2004.

PASHKOVSKIY, P. P.; RYAZANSKY, S. S. Biogenesis, evolution, and functions of plant microRNAs. Biochemistry. Biokhimiia, v. 78, n. 6, p. 627–37, jun. 2013.

SANZ-CARBONELL, A., MARQUES, M.C., BUSTAMANTE, A., FARES, M. A., RODRIGO, G., GOMEZ, G. Inferring the regulatory network of the miRNA-mediated response to biotic and abiotic stress in melon. BMC Plant Biology, v. 78 n. 19,p. 1471-2229. 2019.

SCHMIEDER, R. Perl one liner to extract sequences by their ID from a FASTA file. Disponível em: . Acesso em: 18 fev 2014.

SILVA, A. Q.; SILVA, H.; SILVA, H.M.M.; CARDOSO, E.A. Estado nutricional de plantas de umbu (Spondias tuberosa Arr. Cam.) e absorção de NPK pelos frutos por ocasião da colheita. Revista Brasileira de Fruticultura, Cruz das Almas, v. 13, n. 4. p. 259-263, 1991.

SPANUDAKIS, E.; JACKSON, S. The role of microRNAs in the control of flowering time. Journal of experimental botany, v. 65, n. 2, p. 365–80, mar. 2014.

STANFORD UNIVERSITY. Protégé WebSite. Disponível em:. Acesso em: 01 Set 2019.

WANG, J.; MEI, J.; REN, G. Plant microRNAs: Biogenesis, Homeostasis, and Degradation. Frontiers in Plant Science, v 27, n. 10. 2019.

ZHANG, S.; YUE, Y.; SHENG, L.; WU, Y.; FAN, G.; LI, A.; HU, X.; SHANGGAN, M.; WEI, C. PASmiR: a literature-curated database for miRNA molecular regulation in plant response to abiotic stress. BMC plant biology, v. 13, n. 1, p. 33, jan. 2013.




DOI: https://doi.org/10.25061/2527-2675/ReBraM/2020.v23i1.751

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